การจ่ายตามรายการบริการที่กำหนด (Fee Schedule) เป็นการจ่ายค่ารักษาพยาบาลตามรายการที่กำหนดเฉพาะ คือกำหนดรายการ อัตราค่าตอบแทน และเงินอุดหนุนสำหรับบริการแต่ละประเภทที่จะจ่ายชดเชยให้การจ่ายด้วยวิธีการนี้มีการนำมาใช้มากในระบบประกันสังคมและกองทุนเงินทดแทน บางกรณีจะเป็นการเบิกจ่ายโดยตรงจากสถานพยาบาล เช่น การจ่ายเงิน อุดหนุนกรณีฉุกเฉินวิกฤต บางกรณีเบิกเป็นสินไหมชดเชยจากผู้ประกันตนซึ่งสถานพยาบาลอาจเป็นผู้ดำเนินการให้การจ่ายด้วย วิธีการนี้สามารถควบคุมต้นทุนค่าใช้จ่ายทางการแพทย์ของระบบบริการได้ค่อนข้างดี อย่างไรก็ตามยังพบว่ามีปัญหาอยู่บ้างในเรื่องคุณภาพของการรักษาพยาบาล

การจ่ายตามระบบกลุ่มวินิจฉัยโรคร่วม (Diagnosis-related Groups: DRGs) เป็นการ  จ่ายค่ารักษาพยาบาลในอัตราที่ตกลงกันล่วงหน้าสำหรับโรคที่มีค่าใช้จ่ายราคาแพง การจ่าย ด้วยวิธีการนี้เป็นการสร้างความเป็นธรรมในระบบบริการสุขภาพ  และสามารถควบคุมค่าใช้จ่ายได้ เพราะไม่ใช่การจ่ายตามรายการที่หน่วยบริการแต่ละแห่งเรียกเก็บ ทั้งนี้ระบบ DRGs ที่แต่ละประเทศนำมาใช้มีการปรับให้เหมาะสมและสอดคล้องกับบริบทของแต่ละประเทศ เพื่อให้สอดคล้องกับโรคและเทคโนโลยีที่ใช้ในการรักษาทรัพยากรที่ใช้และราคา  ปัจจุบัน สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) ใช้ระบบนี้กับการจ่ายแบบผู้ป่วยใน ขณะที่สำนักงานประกันสังคม (สปส.)ใช้ระบบนี้กับการจ่ายเฉพาะกลุ่มโรคร้ายแรง ทั้งนี้ การควบคุมค่าใช้จ่ายจะต้องทำควบคู่กับการกำหนดเพดานรวมของค่าใช้จ่ายในระบบทั้งหมด

การจ่ายตามการให้บริการ (Fee-for-Service) เป็นการจ่ายค่ารักษาพยาบาลในลักษณะปลายเปิด ตามปริมาณงานที่เรียกเก็บภายหลังการให้บริการด้วยการกำหนดราคาจ่ายแต่ไม่ได้ควบคุมจำนวนการให้บริการการจ่ายด้วยวิธีการนี้อาจส่งผลให้งบประมาณไม่เพียงพอสำหรับการจ่ายชดเชยให้กับหน่วยบริการ และอาจมีผลกระทบต่อระบบการเงินการคลังสุขภาพอย่างมาก การจ่ายบางกรณีจะเป็นการเบิกจ่ายโดยตรงจากสถานพยาบาล เช่น กรณีผู้ป่วยในที่มีสิทธิสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการและประกันสุขภาพภาคเอกชน บางกรณีจะเป็นการเบิกเป็นสินไหมชดเชยจากผู้มีสิทธิโดยตรงกับต้นสังกัดหรือบริษัทประกันโดยตรง เช่น กรณีค่ายาและเวชภัณฑ์ผู้ป่วยนอกที่มีสิทธิสวัสดิการรักษาพยาบาลข้าราชการและรัฐวิสาหกิจ ในหลายกรณีจะมีการกำหนดเพดานวงเงินสูงสุดที่จะให้ความคุ้มครองไว้ด้วย เช่น กรณีของความคุ้มครองตามพระราชบัญญัติผู้ประสบภัยจากรถ และประกันสุขภาพภาคเอกชน

การรักษาพยาบาล ตามข้อบังคับคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติว่าด้วยหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการจ่ายเงินช่วยเหลือเบื้องต้น กรณีผู้รับบริการได้รับความเสียหายจากการรักษาพยาบาล พ.ศ. 2555 และมีการแก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2557 ข้อ 4 กำหนดความหมายของ ‘การรักษาพยาบาล’ ว่าหมายถึง ‘บริการสาธารณสุข’ ตามมาตรา 3 แห่งพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 อันได้แก่ บริการด้านการแพทย์ และสาธารณสุข ซึ่งให้โดยตรงแก่บุคคล เพื่อสร้างเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค การตรวจวินิจฉัยโรค การรักษาพยาบาล และการฟื้นฟูสมรรถภาพ ที่จำเป็นต่อสุขภาพและการดำรงชีวิต ทั้งนี้ให้รวมถึงการบริการการแพทย์แผนไทยและแพทย์ทางเลือก ตามกฎหมายว่าด้วยการประกอบโรคศิลปะด้วย

คณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐานบริการสาธารณสุขเป็นคณะกรรมการตามพ.ร.บ.หลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 ประกอบด้วยตัวแทนจากภาคส่วนต่างๆ ได้แก่ หน่วยงานราชการ สภาวิชาชีพ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น โรงพยาบาลเอกชน องค์กรเอกชนที่ไม่แสวงหาผลกำไร และผู้ทรงคุณวุฒิ มีหน้าที่ตามที่กำหนดใน พ.ร.บ.หลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 เช่น กำกับควบคุม ส่งเสริมคุณภาพและ
มาตรฐานของหน่วยบริการ คุ้มครองสิทธิผู้มีสิทธิตามหลักประกันสุขภาพ พิจารณาเรื่องร้องเรียนของผู้รับบริการ และจ่ายเงินช่วยเหลือเบืองต้นตามมาตรา 41 เป็นต้น

คณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ เป็นคณะกรรมการตามพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ 2545 ประกอบด้วยตัวแทนจากภาคส่วนต่างๆ ได้แก่ หน่วยงานราชการ สภาวิชาชีพ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น โรงพยาบาลเอกชน องค์กรเอกชน ที่ไม่แสวงหาผลกำไร และผู้ทรงคุณวุฒิ โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขเป็นประธาน ตามมาตรา 18 มีหน้าที่บริหารและจัดการกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ กำหนดขอบเขตและมาตรฐานการให้บริการสาธารณสุข กำหนดเงื่อนไขการจ่ายเงินช่วยเหลือเบื้องต้นตามมาตรา 41และกำกับการดำเนินงานของสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ

สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ  เป็นหน่วยงานของรัฐมีฐานะเป็นนิติบุคคล อยู่ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ทำหน้าที่รับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติคณะกรรมการควบคุมคุณภาพและมาตรฐาน รวมไปถึงคณะอนุกรรม การของคณะกรรมการชุดต่างๆ ทั้งในงานวิชาการเพื่อพัฒนาระบบหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ งานขึ้นทะเบียนผู้รับบริการและหน่วยบริการ งานบริหารกองทุนให้เป็นไปตามระเบียบที่คณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติกำหนด เป็นต้น นอกจากนี้ยังมีสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ สาขาเขตเป็นหน่วยงานสาขาของสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ทำหน้าที่ตามที่สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติมอบหมาย ปัจจุบันมีทั้งสิ้น13 แห่ง กระจายอยู่ตามเขตพื้นที่12 เขต และกรุงเทพมหานคร

หน่วยบริการ ตามข้อบัังคับคณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ ว่าด้วยหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการจ่ายเงินช่วยเหลือเบื้องต้นฯ ข้อ 4 กำหนด ความหมายของ ‘หน่วยบริการ’ ว่า หมายถึง หน่วยบริการที่ให้บริการอันเป็นเหตุแห่งการร้องขอเงินช่วยเหลือเบื้องต้นนั้น ต้องเป็นหน่วยบริการตามมาตรา 3 แห่งพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 ซึ่งก็คือ สถานบริการที่ได้ขึ้นทะเบียนตามพระราชบัญญัติดังกล่าว